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    令和8年度 第2回細菌全ゲノム解析ワークショップ

    DNAをNanoporeシーケンサーで読み取り、リードからゲノムを組み立てる流れ

    目次

    1. 00Jupyterを開く
    2. 01Linuxコマンド
    3. 02conda でツールを準備する
    4. 03Nanopore リードを確認する
    5. 04Flye でゲノムを組み立てる
    6. 05Racon で配列を補正する
    7. 06Bandage でグラフを見る
    8. 07SPAdes で Illumina リードを組み立てる
    9. 08Unicycler で Hybrid アセンブリを試す
    10. 09QUAST でアセンブリを比べる
    11. 10DFAST で遺伝子を調べる
    12. 11発展：注目する遺伝子を調べる