conda でツールを準備する

1. conda を確認する

SSH接続先のLinuxで実行します。

conda --version
conda info --envs

2. Nanopore 用の環境を作る

まず配列ファイルを調べる SeqKit を入れます。Flye や Racon は、それぞれの章で追加します。

conda create -n wgs-long \
  --override-channels -c conda-forge -c bioconda \
  --strict-channel-priority seqkit
conda activate wgs-long
seqkit version

インストール内容が表示されたら確認し、Proceed ([y]/n)? に y と入力します。

conda info --envs で wgs-long に * が付き、seqkit version が版を表示することを確認します。

-n は環境名、-c はパッケージを取得するチャンネルです。conda-forge を先、bioconda を後に指定します。--override-channels で取得元をこの2つに限定し、--strict-channel-priority で優先順位を固定します。Bioconda公式の設定説明も参照できます。

3. 環境を切り替える理由

パッケージの追加が他の工程のツールに影響しにくいよう、用途ごとに環境を分けます。

4. 使用した版を残す

cd /home/bsjinzai
conda list
conda list --explicit > logs/wgs-long.initial.explicit.txt

conda list は現在の環境のパッケージ一覧です。--explicit は同じプラットフォームで環境を再現するための情報を出力します。後の章でも、ツールを追加した後に別名で保存します。