Windows から SSH で接続する | iWellness 実践・研修

1. Windows と Linux の役割を確認する

場所	行うこと
WindowsのPowerShell	SSHでLinuxへ接続する。scpで結果をコピーする
SSH接続後のLinuxターミナル	condaでツールを入れ、QC・アセンブリ・比較を実行する
WindowsのBandage・ブラウザー	グラフやレポートを開く。DFAST Web版も利用する

WindowsではOpenSSHクライアントとBandageを使います。OpenSSHにはsshとscpが含まれます。解析に使うcondaは接続先のLinuxに準備されています。

2. SSH で接続する

WindowsでPowerShellを開き、SSHクライアントの版を確認します。

ssh -V

PORT・USER・HOSTを配布された接続情報に置き換えます。

ssh -p PORT USER@HOST

書き換える箇所	配布された情報
`PORT`	SSHのポート番号
`USER`	自分に割り当てられたユーザー名
`HOST`	接続先のホスト名またはIPアドレス

初回はホスト鍵のフィンガープリントを配布資料と照合し、yesと入力します。続けて、配布された認証情報を使ってログインします。パスワードの入力中は、文字や*は表示されません。

接続後、同じウィンドウの入力先はLinuxになります。

uname -s
pwd

uname -sでLinuxと表示されます。以降の「@Linux ターミナル」のコマンドは、このSSH接続先で実行します。

3. 作業フォルダへ移動する

Linuxの作業場所は/home/bsjinzaiです。各解析章の相対パスは、このフォルダを基準にします。

cd /home/bsjinzai
mkdir -p data qc assembly results logs
pwd
ls -lh

/home/bsjinzai/
├── data/       配布されたリード（元データ）
├── qc/         前処理後のリードと品質レポート
├── assembly/   方法ごとのアセンブリ
├── results/    補正後の配列、図、比較、アノテーション
└── logs/       実行ログとソフトウェアの版

最初に使うファイルはdata/nanopore.fastq.gzです。試料名は「試料A」、推定ゲノムサイズは3.2 Mb。Illuminaリードは後半で使います。

4. scp で結果をダウンロードする

SSH接続用とは別に、WindowsでPowerShellをもう1つ開きます。scpはこのWindows側のウィンドウで実行します。

Windowsのユーザーフォルダに、結果の保存先を作ります。$HOMEはWindowsの自分のユーザーフォルダです。

New-Item -ItemType Directory -Force "$HOME\genome-workshop"

各解析章のscpコマンドで、必要なファイルをgenome-workshopの下へ保存します。PORT・USER・HOSTには、SSH接続と同じ値を使います。

オプション	意味
`-P PORT`	接続先のポート番号。scpでは大文字の`P`を使う
`-r`	フォルダとその中身をまとめてコピーする

コピーが完了したら、WindowsのBandageやブラウザーでファイルを開きます。

参考：OpenSSH for Windows、scpのオプション。

5. 接続を閉じる

計算中はプロンプトが戻るまで待ってから、次のコマンドを入力します。計算が終わるまでSSH接続のウィンドウを開いておきます。

実習を終えるときは、計算の終了を確認してexitを入力します。

教材では8スレッド、SPAdesには最大16 GBを指定します。