1. Flye のグラフをダウンロードする
Windows側のPowerShellで、Flyeのグラフと配列情報をダウンロードします。接続情報は最初の章と同じです。
New-Item -ItemType Directory -Force "$HOME\genome-workshop\assembly\nanopore"
New-Item -ItemType Directory -Force "$HOME\genome-workshop\results\graphs"
scp -P PORT USER@HOST:/home/bsjinzai/assembly/nanopore/assembly_graph.gfa "$HOME\genome-workshop\assembly\nanopore"
scp -P PORT USER@HOST:/home/bsjinzai/assembly/nanopore/assembly_info.txt "$HOME\genome-workshop\assembly\nanopore"GFAは配列断片とその接続を記録した形式です。RaconはこのGFAを書き換えていないため、ここで観察するのはFlyeのグラフです。
2. Windows で Bandage を起動する
Windows版Bandageのフォルダを開き、実行ファイルを起動します。
- Bandageの
File→Load graphを選びます。 - Windowsに保存した
genome-workshop\assembly\nanopore\assembly_graph.gfaを指定します。 - グラフの範囲を
Entire graphにしてDraw graphを押します。 - ノードの名前と長さを表示します。必要に応じてdepthも表示します。
- 全体像を見てから、長いノードや短い独立したノードへ拡大します。
3. グラフを読む
| 観察する点 | 考えること |
|---|---|
| 長いノード | 主な配列がどの程度つながったか |
| 分岐・複数の接続 | 反復配列などで経路が曖昧になっていないか |
| 独立した短いノード | 別の配列単位、断片、混入など複数の可能性 |
| 自己ループなど環状を示す接続 | Flyeの circ. 判定と対応するか |
| depthの違い | コピー数、配列の偏り、反復などが影響していないか |
assembly_info.txt をWindowsのテキストエディターで開き、長さや circ. の判定とグラフを照合します。
環状かどうかは、図の配置ではなく接続情報で判断します。また、グラフのノードと最終contigが常に1対1に対応するわけではありません。ノードをドラッグして配置を変えても、塩基配列や接続関係は変わりません。
4. 画像を保存する
Bandageの画像保存機能から、全体図をPNGなどでWindowsに保存します。保存先の例は genome-workshop\results\graphs\flye.png です。図には使ったGFAと「Flye」という解析方法を添えてください。
グラフを読み直せるよう、元のGFAも保存します。
「観察した事実」と「考えられる理由」を分けて記録します。Nanoporeの結果を共有してから、Illuminaの解析へ進みます。